Rのパッケージ “sf” をコンパイルできない

Rのパッケージ “sf” をインストールしようとすると、バイナリー版よりソース版のほうが新しかったので、コンパイルしてインストールしようとした。しかし、エラーのためにインストールできない。

RStudioで:

> install.packages("sf")
 依存対象 (dependency) ‘wk’, ‘classInt’, ‘s2’, ‘units’ もインストールします 


  利用できるバイナリー版がありますがソース版は後者です:
   binary source needs_compilation
sf  1.0-7  1.0-8              TRUE

 パッケージのソースからインストールを行いますか? (コンパイルが必要です)  (Yes/no/cancel) yes
 URL 'https://cran.rstudio.com/bin/macosx/contrib/4.2/wk_0.6.0.tgz' を試しています 

...略...

configure: CXX: clang++ -mmacosx-version-min=10.13 -std=gnu++11
checking for gdal-config... no
no
configure: error: gdal-config not found or not executable.
ERROR: configuration failed for package ‘sf’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/sf’
Warning in install.packages :
   パッケージ ‘sf’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました 

 ダウンロードされたパッケージは、以下にあります 
 	‘/private/var/folders/19/_1vh1zln4nv6mht93knpn2m00000gn/T/RtmpMVnVVL/downloaded_packages’

エラーをみると、gdal-configというファイルが存在しないか実行できないらしい。

諦めてバイナリー版をインストールすれば、とりあえずはインストールの問題は解決する。しかし、アップデートでいちいちコンパイルするかを訊かれるのは煩わしいので、少し試してみる。

“rgdal” というパッケージがあるのでインストールを試すと、同じようなエラーになる。gdalというライブラリーに依存しているようだ。

...略...
configure: rgdal: 1.5-32
checking for /usr/bin/svnversion... no
configure: svn revision: 1176
checking for gdal-config... no
no
checking for gdal-config... no
no
configure: error: gdal-config not found or not executable.
ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/rgdal’
Warning in install.packages :
   パッケージ ‘rgdal’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました 

 ダウンロードされたパッケージは、以下にあります 
 	‘/private/var/folders/19/_1vh1zln4nv6mht93knpn2m00000gn/T/RtmpMVnVVL/downloaded_packages’

Homebrewにgdalがあったので、インストールしてみる。(Homebrewはインストール済み)

gdalは地理空間情報データフォーマットを変換するためのライブラリらしい。ターミナルで:

% brew install gdal

ふたたびRStudioで”sf”のインストールしてみると、完了した。

gdalのインストール、コンパイルしてのインストールは、どれも時間がかかる。バイナリー版をインストールしてしまうのがとりあえずは早い。

sfを使って日本地図を描いてみた。